1. Lãnh đạo Viện
- Phó Viện trưởng điều hành: TS. Trần Hoàng Long
2. Cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Đông Bắc Á
1) Trung tâm Nghiên cứu Nhật Bản
2) Trung tâm Nghiên cứu Hàn Quốc, Triều Tiên
3) Trung tâm Nghiên cứu Mông Cổ và vùng lãnh thổ Đài Loan;
4) Trung tâm Nghiên cứu những vấn đề chung của khu vực Đông Bắc Á
5) Phòng Hành chính - Tổng hợp
6) Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế
7) Tạp chí Nghiên cứu Đông Bắc Á
